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幽灵军团的黄泉(中村秀利配音)通过神秘的暗黑医疗术,复活了具有足以毁灭世界恐怖力量的魔物魍魉(加藤精三配音),希望以此建立黑暗的千年王国。魍魉俯身于黄泉身上,随即命令幽灵军团攻打鬼之国,企图杀害具有封印魔物和预言死亡能力的巫女紫苑(藤村歩配音),并准备夺回魍魉封印在沼之国的肉体。一旦魍魉的灵魂和肉体合二为一,世界将彻底灭亡。鬼之国遇袭的消息很快传到其他各国,叶隐村的忍者也被调动起来。鸣人(竹内顺子配音)、小樱(中村千绘配音)、宁次(遠近孝一配音)和小李(増川洋一配音)受命前去保护紫苑。然而,鸣人却从紫苑的口中得到他将死去的预言……本片为《火影忍者》第四部剧场版动画。